Facturation électronique : « Pour les commerçants, le plus difficile reste à venir »

Deux mois après l’entrée en vigueur de la réforme, les entreprises découvrent progressivement la facturation électronique. Mais les principales difficultés pourraient apparaître en septembre 2027, avec les obligations d’émission et d’e-reporting. Jean-Marc Jaumouillé, directeur des techniques professionnelles chez Fiducial et vice-président du Conseil national de l’Ordre des experts-comptables, nous explique les enjeux de cette transition pour les commerçants.

Jean-Marc Jaumouillé
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Depuis le 1er septembre 2026, toutes les entreprises assujetties à la TVA doivent être en mesure de recevoir des factures électroniques. Une première étape qui concerne également les commerçants indépendants, même lorsqu’ils réalisent l’essentiel de leur chiffre d’affaires auprès des particuliers. Pourtant, deux mois après le lancement de la réforme, les changements restent encore relativement limités pour beaucoup d’entre eux.

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La situation devrait sensiblement évoluer à compter du 1er septembre 2027. Les TPE et PME devront alors émettre leurs factures électroniques pour leurs clients professionnels et transmettre à l’administration fiscale les données relatives à certaines de leurs transactions et de leurs encaissements. Des obligations qui nécessiteront d’adapter l’organisation des entreprises, en particulier dans les commerces et les établissements de restauration.

Deux mois après l’entrée en vigueur de la réforme, quel premier bilan tirez-vous de son déploiement ?

« La France a fait le choix d’une entrée en vigueur progressive, contrairement à d’autres pays. Depuis le 1er septembre, les petites entreprises doivent être capables de recevoir des factures électroniques, mais elles n’ont pas encore l’obligation d’en émettre. Pour beaucoup d’entre elles, le véritable changement interviendra donc en septembre prochain. Aujourd’hui, nous sommes dans une période intermédiaire, avec des factures qui arrivent encore par courrier, par mail ou désormais par l’intermédiaire des plateformes agréées. Cette coexistence des différents circuits complique temporairement la gestion administrative. D’autant que les grandes entreprises, qui sont pourtant déjà soumises à l’obligation d’émission, n’envoient pas encore toutes leurs factures sous forme électronique.

Cette situation explique pourquoi les entreprises sont encore loin d’avoir pris leurs habitudes avec la facturation électronique. Certaines ne reçoivent que deux ou trois factures par mois sur leur plateforme. Or, lorsqu’on utilise un outil aussi occasionnellement, il est difficile d’acquérir les bons réflexes. Et cela peut avoir des conséquences importantes pour les fournisseurs. Lorsqu’une entreprise émet une facture, son objectif est avant tout d’être payée. Mais si son client n’a pas encore l’habitude de consulter sa plateforme, il risque de ne pas voir la facture et donc de ne pas la régler dans les délais. Certains fournisseurs hésitent ainsi à passer immédiatement à la facturation électronique, par crainte de rencontrer des difficultés de recouvrement. C’est tout le paradoxe de cette période de transition. Une réforme destinée à simplifier les échanges entre entreprises peut, dans un premier temps, compliquer le suivi des factures et entraîner des retards de paiement. »

L’e-reporting constitue une autre obligation importante de la réforme. Quelles conséquences aura-t-il sur l’organisation des commerçants ?

« L’e-reporting est une obligation complémentaire qui va effectivement représenter du travail supplémentaire. Mais les conséquences seront très différentes selon les équipements dont disposent les entreprises. Lorsqu’un commerçant utilise un logiciel de caisse adapté, capable de récupérer les informations et de les transmettre à sa plateforme, cela ne devrait pas entraîner beaucoup de travail supplémentaire. En revanche, pour ceux qui ne disposent pas d’un tel équipement, la situation risque d’être nettement plus compliquée. Il faudra collecter les données, les préparer et les transmettre, ce qui peut représenter un temps considérable. C’est vraiment la qualité des outils utilisés qui fera la différence.

Il faudra également être particulièrement vigilant pour éviter de comptabiliser deux fois les mêmes recettes. Il faut bien distinguer les deux dispositifs. Lorsqu’une entreprise émet une facture électronique, sa plateforme transmet à l’administration fiscale les données réglementaires de cette facture. Pour les ventes réalisées auprès des particuliers, ce sont les données des transactions qui doivent être communiquées dans le cadre de l’e-reporting. À cela s’ajoutent, pour certaines opérations, notamment les prestations de services soumises à la TVA sur les encaissements, des informations relatives aux paiements reçus. La difficulté apparaît notamment lorsqu’une vente est enregistrée en caisse, puis fait l’objet d’une facture électronique demandée par un client professionnel. Il faut alors éviter que cette même opération soit comptabilisée deux fois, une première fois dans les recettes de caisse et une seconde fois à travers la facture. Des mécanismes sont prévus pour éviter cette double prise en compte par l’administration. Les logiciels de caisse adaptés pourront gérer ces rapprochements, à condition d’être correctement paramétrés et compatibles avec la réforme. En revanche, sans outil approprié, le commerçant devra effectuer davantage de vérifications et de traitements manuels, avec un risque d’erreur et une charge administrative beaucoup plus importante. »

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La gestion des notes de frais risque également de se compliquer. Comment les commerçants pourront-ils s’adapter ?

« C’est un sujet important, car les commerçants accueillent régulièrement des clients qui effectuent des achats dans le cadre de leur activité professionnelle. Il faut notamment distinguer deux situations. Lorsqu’un salarié effectue une dépense en son nom, puis présente son justificatif à son employeur pour se faire rembourser, l’opération peut être traitée comme une vente à un particulier, avec les obligations d’e-reporting correspondantes. En revanche, si la facture doit être établie directement au nom de l’entreprise, elle relève de la facturation électronique entre professionnels, lorsque les conditions de cette obligation sont réunies. Dans la restauration, il existe une tolérance particulière pour les notes ne dépassant pas 150 euros hors taxes, qui permet sous certaines conditions d’utiliser un justificatif simplifié pour la récupération de la TVA. Mais au-delà de ce montant, une facture comportant toutes les mentions obligatoires est nécessaire. Pour le commerçant, la difficulté sera de récupérer les informations de l’entreprise et d’établir rapidement cette facture, sans ralentir le service ni retarder l’encaissement.

Il existe plusieurs pistes pour simplifier les démarches, notamment l’utilisation de QR codes. On peut imaginer que le client dispose d’un QR code contenant les informations de son entreprise, que le commerçant pourrait scanner pour établir la facture. À l’inverse, le commerçant pourrait aussi proposer son propre QR code, que le client scannerait pour renseigner lui-même les informations nécessaires à la facturation. Il faudra trouver des solutions pratiques, mais surtout éviter de multiplier les dispositifs différents. Si chaque établissement ou chaque logiciel impose une procédure particulière, cela risque de devenir très compliqué à gérer, aussi bien pour les commerçants que pour leurs clients. L’objectif doit rester de simplifier les opérations, pas d’ajouter de nouvelles contraintes au moment de l’encaissement. »

Cette réforme représente-t-elle également une charge de travail importante pour les experts-comptables ?

« Oui, et nous n’en sommes encore qu’au début. Pour les experts-comptables, la réforme représente déjà un travail considérable d’accompagnement et de pédagogie. Il faut expliquer aux chefs d’entreprise ce qui change, pourquoi ils sont concernés, quel est l’intérêt de la réforme et comment ils doivent s’organiser. Aujourd’hui, les entreprises utilisent encore relativement peu la facturation électronique, mais cela ne les empêche pas de se poser beaucoup de questions. Elles ont besoin d’être rassurées et accompagnées, et c’est naturellement vers leur expert-comptable qu’elles se tournent. Avec l’arrivée de l’e-reporting et de l’obligation d’émission pour les petites entreprises en septembre 2027, cette charge de travail va encore augmenter.

Il faudra du temps pour que les nouvelles pratiques deviennent réellement habituelles. Sur la réception des factures d’achat, je pense que les entreprises auront acquis leurs automatismes au cours des prochains mois. Mais avec les obligations supplémentaires qui entreront en vigueur en septembre 2027, une nouvelle période d’apprentissage va commencer. Il faudra probablement huit à neuf mois pour que les choses se mettent correctement en place. À mon sens, c’est plutôt vers la fin du premier semestre 2028 que nous pourrons considérer que le dispositif fonctionne véritablement à son rythme de croisière. »

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Faut-il conseiller aux commerçants d’anticiper dès maintenant l’émission des factures électroniques ?

« À terme, la facturation électronique apportera de véritables simplifications aux entreprises. Pour celles qui établissent régulièrement des factures, disposer d’un logiciel de gestion adapté représente un gain de temps considérable. Certaines informations pourront être préremplies, les traitements seront facilités et les entreprises n’auront plus à effectuer autant de manipulations. Mais pour en profiter pleinement, il faut d’abord apprendre à utiliser les outils et acquérir les bons réflexes.

Aujourd’hui, nous recommandons donc à nos clients de commencer à se familiariser avec leurs solutions de facturation électronique, mais pas nécessairement d’anticiper l’émission de toutes leurs factures ni la mise en œuvre de l’e-reporting. Il faut avancer progressivement. Les entreprises doivent d’abord apprendre à recevoir et à traiter correctement leurs factures, avant de passer à l’étape suivante. C’est particulièrement important dans le contexte actuel, où certains destinataires ne consultent pas encore régulièrement leur plateforme. L’enjeu est de préparer la transition sans prendre le risque de provoquer des retards de paiement. »

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